Melhor resposta
Para evitar ambiguidade e confusão, Sempre recomendo separar totalmente a frase da pergunta, assim: Ela não estava presente, segundo ela? A gramática e a pontuação estão corretas?
Como você pode ver nas respostas, ninguém tem certeza se você pretendia colocar esse ponto de interrogação dentro da frase ou se estava apenas antecipando o ponto de interrogação que deve encerrar uma pergunta.
Sua frase está correta, mas esteja ciente de que o leitor, que não faz Não conheço o contexto, inevitavelmente me pergunto se ela e ela são a mesma pessoa ou não.
Resposta
O uso dos dois pontos de interrogação no final de você pergunta é um tanto confusa.
“Ela não estava presente, de acordo com ela” está correto se a intenção é repetir uma negação expressa por alguém.
“Ela não estava presente , de acordo com ela?” é uma pergunta interrogativa pedindo uma confirmação sobre algo que outra pessoa disse. Também está correto.